AQUACULTURE BIOINFORMATIC

Pengembangan EST berasal RSK dan SNP sebagai suatu genom
sumber daya lele di India, Clarias batrachus

Ikan lele penting bagi perikanan dan industri akuakultur. Clarias batrachus, sebuah spesies lele endemic dari India ,cukup umum distribusi di air tawar dari dataran seluruh India. C. batrachus dibudaya dalam ruang yang terbatas membuatnya menjadi pilihan dan spesies potensial. Namun produksi perikanan budidaya dibatasi oleh tingkat pertumbuhan yang lambat dan kerentanan terhadap penyakit. Intervensi untuk genetik perbaikan dalam multigenic komersial penting seperti sifat tergantung pada ketersediaan penanda genetika molekuler dan penggunaan penanda tersebut dalam program pemuliaan yang efisien.  C. batrachus dapat berguna dalam pemetaan keterkaitan, perbandingan genomik studi dan untuk perbaikan genetik program. 

Untuk menghasilkan EST dan tipe I, informasi untuk C. batrachus, kita sequencing 1.937 klon dari jaringan limpa ikan lele dewasa. Limpa ikan sebanding dengan yang mamalia dan terdiri dari jaringan limfoid terbesar di teleost yang melindungi ikan terhadap darah patogen. Ini rumah sel-sel kekebalan seperti T, dan B sel, yang mampu menghancurkan atau menetralisir antigen dalam untuk mencegah manifestasi lebih lanjut dari penyakit. Oleh karena itu, sejumlah besar gen kekebalan transkrip relevan, terlibat dalam ketahanan terhadap penyakit, akan diharapkan di perpustakaan limpa. Dengan demikian, tujuan dari ini bekerja adalah untuk mengkarakterisasi tipe I penanda dari diekspresikan urutan tag dari limpa spesies lele India, untuk asosiasi dan studi pemetaan hubungan untuk program perbaikan genetiknya.

JURNAL DAPAT DILIHAT DI SINI

PERAN BIOINFORMATIKA DALAM BUDIDAYA PERIKANAN

Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.

Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.

1. ANOTASI GENOM 

Anotasi genom dapat dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Program BlAST berperan pada bidang Contohnya pada penelitian mengenai cloning hormone pertumbuhan pada ikan gurame.Perkembangan ikan gurame yang relative lambat merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame.

 

2. TRANSKRIPTOMIKA

Penggunaan DNA chip (microarray) merupakan cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada tingkat RNA. Microarray ialah suatu lempengan yang membawa dna dalam urutan yang teratur. Microarray dibuat dengan mesin untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag mewakili hampir semua gen dari organism. Sebagai catatan cDNa merupakan DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik.

 

 

3. PROTEOMIKA 

Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.

begitulah peran bioinformatika dalam aquaculture. jurnal dapat dilihat DI SINI